1927年，女师大改化学等系为数理化系。2月，女师大将原来的国文、化学等8系合并为文理两科，经学生多次要求，评议会决定恢复分系制，暂设哲学、国文、外国文、史地、数理化5系。3月12日，男女师大举行孙中山先生逝世2周年纪念大会。4月6日，奉系军阀逮捕李大钊等，4月10日，为营救李大钊等，国立九校校务讨论会代表张贻惠（师大）等赴文昌胡同8号拜访张学良。

9校合并为京师大学校，北京师范大学改称京师大学校师范部，女师大改称京师大学校女子第一部。6月13日，国民党中央执行委员会第105次政治会议通过决议，采用法国教育行政制度，在中央成立中华民国大学院，由大学院总理全国教育事宜，在地方教育行政制度试行大学区制，取代省教育厅。6月17日，国民政府任命蔡元培为中华民国大学院院长。8月，京师原有9所大学，即北京大学、北京师范大学、北京女子师范大学、北京女子大学、北京法政大学、北京医科大学、北京农业大学、北京工业大学、北京艺术专门学校，该9所大学合并为1所大学，为京师大学校，教育部部长刘哲兼任校长，我校改称京师大学校师范部，附属中学改为国立京师大学校附属中学校，女师大改称京师大学校女子第一部。教务方面，京师大学校师范部有国文系、化学系等8系2专修科，本科平均每系4班。